El primer trabajo de Leonardo que se conoce es una parte del Bautismo de Cristo de Verrocchio y sus alumnos. Otra pintura que parece datar de este periodo, es La Anunciación. Uno de ellos es pequeño, centímetros de largo y 14 centímetros de alto. Se trata de un «predela» para ir en la base de una gran composición, en este caso un cuadro de Lorenzo di Credi del cual se ha separado. El otro es un trabajo mucho más grande, 217 centímetros de largo. En estas dos Anunciaciones, Leonardo ha representado a la Virgen María sentada o de rodillas a la derecha de la imagen, y un ángel de perfil que se acerca a ella desde la izquierda. Gran parte del trabajo es realizado en el movimiento de la ropa y las alas del ángel. Aunque anteriormente dicho trabajo fue atribuido a Domenico Ghirlandaio, el trabajo es ahora casi universalmente atribuido a Leonardo. Entre 1478 y 1482, pintó Madona Benois, una obra que le ha sido atribuida pero es muy debatida en cuanto a su fecha de ejecución. Fechada hacia 1474-1476, otra pintura que ha sido atribuida al pintor florentino es un pequeño retrato, Ginebra de Benci. La Virgen del clavel, cuya fecha de ejecución se presume entre 1478 y 1480, es otra de sus obras de este periodo.
Década de 1480
En la década de 1480, Leonardo recibió dos grandes encargos y comenzó a trabajar para otra obra que fue igualmente de gran importancia en términos de composición. Desgraciadamente, dos de las obras nunca fueron terminadas, y la tercera fue sometida a un proceso de negociación para la finalización y el pago. Uno de estos cuadros fue el de San Jerónimo. Liana Bortolon, asocia este cuadro a un período difícil de la vida de Leonardo, los signos de la melancolía se pueden leer en su diario: «Pensaba que aprendía a vivir, aprendía sólo a morir». La fijación audaz e innovadora de la composición de San Jerónimo, con los elementos del paisaje y el drama personal, aparece igualmente en otra gran obra inacabada, la Adoración de los Magos, un encargo de los frailes de San Donato en Scopeto. Fue un cuadro muy complejo, y Leonardo realizó numerosos dibujos y estudios preparatorios, incluyendo uno muy detallado para la perspectiva lineal de una ruina de arquitectura clásica que sirve de fondo a la escena. En 1480, el pintor florentino hizo una obra que ha sido muy famosa, La dama del armiño. Pero, en 1482, a petición de Lorenzo de Médici, Leonardo marchó a Milán para ganar los favores de Ludovico Sforza. De tal manera que abandonó la creación de dicho cuadro. La tercera obra importante de este período fue La Virgen de las Rocas (de esta obra hubo dos versiones, ambas atribuidas a Leonardo), que fue un encargo de la cofradía de la Inmaculada Concepción de Milán. La pintura serviría para rellenar un gran retablo ya construido, y tuvo una elaboración casi tan compleja como la Adoración de los Magos, pese a tener sólo cuatro personajes, y describe un paisaje en lugar de un fondo arquitectónico. El cuadro pudo ser terminado, se hicieron dos versiones de la pintura: la que ha quedado en la capilla de la cofradía, y una segunda versión hecha algunos años más tarde, con el añadido de las aureolas y el bastón de Juan Bautista.Década de 1490
Entre 1495 y 1498 Leonardo pinta La Última Cena, que representa la última comida compartida por Jesús con sus discípulos; fue ejecutada directamente sobre un muro del convento de Santa Maria delle Grazie en Milán. Trabajaba del alba al crepúsculo sin detenerse para comer, para así dejar de hacerlo los tres o cuatro días siguientes, que topó con la incomprensión del prior del convento. Es una obra maestra en su concepción y caracterización, que ha recibido la admiración de artistas de la talla de Rubens y Rembrandt. La obra ha tenido que ser restaurada constantemente debido a la técnica utilizada por Leonardo; al cabo de un tiempo ya fue descrita por un testigo como una obra «totalmente dañada». A pesar de todo, es una de las obras de arte más reproducidas. Entre 1499 y 1500, Leonardo pintó Santa Ana, la Virgen, el Niño y san Juanito.
